La storia inizia esattamente dopo la conclusione del primo film. I pinguini, sentendosi responsabili della "tragedia", decidono di aiutare i loro quattro amici, Alex il leone, Melman la giraffa, Gloria l'ippopotamo e Marty la zebra a fuggire dall'isola. Il piano consiste nel liberare l'aereo dal gigantesco albero dove è incastrato, e riuscire a farlo decollare. L'idea ha in parte successo, solo che l'aereo per una perdita, atterra nell'Africa centrale, dove i quattro protagonisti troveranno i loro simili (la loro famiglia). A parte i pinguini, capiranno che è proprio questo il loro habitat naturale che è meglio rimanere qui anziché lo zoo di Central Park di New York che rimarrà un ricordo.
